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Tous malades
Au menu des Fêtes, six épidémies hivernales

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La grippe est revenue avec les premiers frimas de décembre et plusieurs épidémies saisonnières cohabitent désormais dans la population. Toutes partagent la même capacité: causer des symptômes grippaux et des difficultés respiratoires.

Chaque automne-hiver, les virus tels que la grippe, le Covid et les VRS (le virus respiratoire syncytial, responsable de la bronchiolite) circulent beaucoup. Mais depuis l’hiver 2023-2024, ce ne sont pas les seuls responsables des infections respiratoires. Deux bactéries qui avaient disparu pendant le Covid, Chlamydia pneumoniae et Mycoplasma pneumoniae, ont rejoint le cortège des virus et peuvent causer des pneumonies.

Comme chaque hiver depuis son apparition en 2020, c’est le Covid qui est détecté le plus souvent chez les patients hospitalisés avec des infections respiratoires.

Les infections à SARS-CoV-2 se répandent désormais aussi vite que le rhume, car le variant Omicron du coronavirus est devenu très contagieux, comme le rhinovirus. Beaucoup plus contagieux que les anciens variants du coronavirus SARS-CoV-2 auxquels nous étions moins adaptés. «On est passé d’un virus peu contagieux qui faisait une maladie très sévère, avec des embolies pulmonaires, des thromboses septiques et une inflammation massive, à un virus Covid qui est devenu gentil pour des personnes sans immunosuppression ou facteurs de risque, un virus qui fait plutôt un syndrome grippal», estime Gilbert Greub, directeur de l’Institut de microbiologie du CHUV à Lausanne.

Au niveau de sa dangerosité, le Covid est maintenant quelque part entre le rhume et la grippe: peu dangereux, sauf pour les personnes immuno-supprimées ou qui ont des facteurs prédisposants particuliers.

Les premiers cas de grippe de l’hiver 2024-2025 ont fait leur apparition au début du mois de décembre.

Moins contagieuse que les autres virus, la grippe avait été interrompue pendant deux ans grâce aux mesures anti-Covid. Mais elle était de retour l’hiver 2022-2023.

«Chaque hiver, seul 5 à 30% de la population fait une grippe, rapporte le microbiologiste. Raison pour laquelle une bonne part de la population est réceptive au virus chaque hiver, même si les anticorps postmaladie pourraient protéger plus d’un an (typiquement 1 à 3 ans).»

À noter que deux vagues de grippe se succèdent généralement: le virus de grippe A, puis celui de la grippe B, qui est moins contagieux. C’est pourquoi on commence, en général, par faire la grippe A avant de faire la B.

Les pneumonies bactériennes dues à Mycoplasma pneumoniae et à Chlamydia pneumoniae ont causé une «Nous n’avons jamais eu autant de cas» d’infections respiratoires lors de l’hiver 2023-2024 et les cas ont continué à se produire jusqu’en été.

Ces deux bactéries avaient été totalement absentes pendant trois ans en 2020, 2021 et 2022. «Normalement chaque automne nous avons une petite vague d’infections par le mycoplasme. Chlamydia pneumoniae aussi circulait – souvent sans être reconnu – puisque 75% de la population a des anticorps contre Chlamydia pneumoniae, par exemple. Mais à cause du fait qu’on n’a pas été exposé pendant certaines années, nous avons perdu nos anticorps.»

«Ces pneumonies bactériennes font le plus souvent des symptômes de type «syndrome grippal» et peuvent aussi faire des pneumonies», explique Manuel Schibler, responsable du laboratoire de virologie aux HUG. Cela se traduit souvent par une toux sèche qui peut durer plusieurs semaines. «Ces bactéries font des pneumonies atypiques car on ne crache pas d’expectorations jaunes ou vertes comme dans la pneumonie bactérienne habituelle, détaille son collègue du CHUV Gilbert Greub.»

Ces bactéries, qu’on doit traiter avec des antibiotiques, ont aussi tendance à causer de l’inflammation: «Un peu comme le Covid en 2020, le mycoplasme peut vous faire un rash cutané, une conjonctivite, une péricardite et autres fortes inflammations, avertit le spécialiste. Idem pour Chlamydia pneumoniae, qui peut faire une sorte d’asthme ou des toux chroniques.»

Les personnes à risque (immunosupprimés, enfants, mucoviscidose, etc.) devraient particulièrement faire attention à ces deux bactéries. «Si on ne les traite pas et qu’on considère que ce sont juste de petites grippes, cela peut se transformer en infections chroniques, avertit l’infectiologue Gilbert Greub. On continue à tousser pendant trois, quatre semaines et, à la fin, on peut faire des sortes d’asthmes ou de bronchites asthmatiformes. Ce n’est pas très bon de tousser pendant trois semaines: vous ne dormez pas bien, vous infectez d’autres gens et vous risquez à la fin de fatiguer votre appareil respiratoire et d’induire des dilatations des petites bronches.»

«Chaque année, les bébés remplissent les unités pédiatriques, car le VRS cause des bronchiolites chez les tout-petits», explique Manuel Schibler, responsable du laboratoire de virologie aux HUG.

Depuis l’automne 2024, un médicament de prévention, le Beyfortus, est disponible et l’OFSP recommande désormais qu’il soit adminitré à tous les nouveaux-nés dès la première semaine de vie.

En hiver 2022-2023, l’épidémie avait été particulièrement forte. «C’était la première fois qu’on revoyait le VRS depuis le Covid, explique Gilbert Greub. On ne l’avait pas vu en 2020-2021 et l’automne 2022 fut une épidémie de rattrapage.» En 2023 également, les urgences pédiatriques ont connu une situation très tendue à cause notamment des nombreux cas de bronchiolite.

La pneumonie bactérienne «traditionnelle» vient s’ajouter aux deux autres. Elle est causée par le pneumocoque, la source No 1 de pneumonie dans la communauté.

Les personnes âgées sont plus à risque d’attraper le pneumocoque, tandis que les enfants sont souvent infectés par le mycoplasme ou le Chlamydia pneumoniae. Le problème, c’est qu’on ne traite pas toutes ces pneumonies bactériennes avec le même antibiotique: la pneumonie à pneumocoque répond bien à la pénicilline, mais ce n’est pas le cas des pneumonies à Mycoplasma ou à Chlamydia.

Les médecins généralistes « peuvent s’orienter en fonction des expectorations (s’il y en a, c’est probablement des pneumocoques) ou éventuellement avec des radios de thorax qui permettent de les différencier», explique Gilbert Greub. Les résultats des tests PCR sont rapides au CHUV (en un jour) mais dans certains laboratoires cela peut prendre jusqu’à trois jours ouvrables.

Comme l’an dernier, il y a beaucoup de rhumes qui circulent depuis début décembre. Le rhinovirus est même la cause numéro une des cas d’infections respiratoires, devant le Covid et la grippe. «Le rhinovirus a toujours été contagieux car nous vivons depuis longtemps avec», explique Gilbert Greub. On se le transmet toute l’année, y compris en été.

Le rhume peut être dû à divers virus dont le rhinovirus, rappelle le spécialiste. «Aujourd’hui, on observe 25% de rhinovirus, mais bien davantage de rhumes dont ceux dus au rhinovirus, ceux dus au SARS-CoV-2, ceux dus aux autres coronavirus saisonniers qui circulent et qui causent des rhumes depuis des décennies… et ceux dus, par exemple, à l’adénovirus»

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