Prélevées sur des moutons égorgés ou sous forme d'urine, d'excréments et de poils, les traces de loup finissent toutes au Laboratoire de biologie de la conservation de Luca Fumagalli à l'Université de Lausanne. Depuis le retour du prédateur sur le territoire suisse il y a vingt ans, ce chercheur a dressé le profil ADN de plus de nonante d'entre eux.

Au sein du Département d'écologie et d'évolution, le scientifique de 51 ans reçoit régulièrement du courrier de Berne. L'expéditeur est l'institut Kora, qui, sur mandat de l'Office fédéral de l'environnement (OFEV), supervise les populations de loups en Suisse et les documente.

Luca Fumagalli est chargé de répondre à deux questions: les traces qui lui sont soumises proviennent-elles bien d'un loup et, dans ce cas, s'agit-il d'un animal déjà répertorié? Il ne dispose d'aucune information sur les échantillons afin de ne pas fausser les résultats. Le chercheur d'origine tessinoise est conscient du caractère sensible de ce matériel, qui est conservé dans une pièce dont seuls lui-même et ses laborantines ont la clé. Pour preuve: les femmes de ménage n'y entrent pas… et les congélateurs sont verrouillés.

Plus de 2600 échantillons

Depuis la première preuve génétique de la présence d'un loup en Suisse en 1996, plus de 2600 échantillons biologiques ont été recueillis. Pour près des deux tiers, il s'agissait de salive, pour un tiers d'excréments, le reste étant constitué de poils, d'urine ou de régurgitations. Pour des raisons de coûts, seul un tiers environ des échantillons collectés sur le terrain, les plus prometteurs, sont examinés en vue d'en retirer de l'ADN.

La plupart du temps, Luca Fumagalli effectue ainsi des analyses indirectes, mais parfois il se penche directement sur des tissus de loups morts ou tués. Dans ce cas, les analyses sont moins complexes, car les échantillons contiennent davantage d'ADN en bon état de conservation.

Ce système a été mis au point par le chercheur lausannois. Dans un premier temps, l'analyse de l'ADN mitochondrial indique s'il s'agit d'un loup. Cela prend entre quelques jours et deux semaines selon les problèmes techniques rencontrés. Dans un second temps, des séquences d'ADN dites microsatellites sont isolées au niveau du noyau cellulaire, ce qui prend jusqu'à trois semaines supplémentaires et fournit l'empreinte génétique individuelle de l'animal.

C'est ainsi que d'un peu de salive ou de quelques poils résultent par exemple les appellations M30 et F07, soit le mâle et la femelle à l'origine de la meute du Calanda (GR). Le premier était le trentième mâle identifié dans le laboratoire de Luca Fumagalli, la seconde la septième femelle.

«Avec les meutes comme celle des Grisons, toujours plus de nouveaux animaux sont identifiés», explique Luca Fumagalli. Le puzzle est ensuite assemblé par l'institut Kora en collaboration avec les cantons, en fonction des résultats des analyses génétiques et des lieux où ont été trouvés les échantillons. Cet automne, par exemple, il s'est avéré que le loup M64, qui avait laissé des traces dans le val d'Entremont (VS), était un rejeton de la meute du Calanda. Il a ensuite été repéré dans le canton de Fribourg.

Tous d'origine italienne

Depuis 1996, plus de 90 profils ADN ont été établis, un répertoire certainement non exhaustif des loups ayant élu domicile en Suisse. «Si un loup se nourrit exclusivement de gibier ou ne laisse pas de traces, il peut passer inaperçu», note le spécialiste.

En outre, environ 40% des échantillons ne permettent pas d'établir un profil génétique interprétable correctement, parce que la dégradation de l'ADN est très importante. Certains animaux n'ont donc vraisemblablement jamais été identifiés.

En plus des échantillons suisses, Luca Fumagalli évalue également tous les prélèvements faits en Autriche. Les analyses montrent que l'ensemble des loups répertoriés jusqu'ici dans les Alpes suisses proviennent d'une population italienne qui s'est répandue dans l'ensemble de l'arc alpin, via la France, dans les années 1990.

C'est aussi le cas pour l'ensemble des échantillons de loups collectés dans les Alpes françaises et italiennes. Ces animaux sont génétiquement distincts des loups d'Europe de l'Est, des Balkans ou d'Espagne. Mais, compte tenu des longues distances parcourues par le prédateur, il n'est pas exclu qu'un jour ou l'autre de tels échantillons atterrissent sur la table de Luca Fumagalli.